פעילותה של החברה הלאומית לדרכים עומדת בכל עת תחת מערכות בקרה ופיקוח, שמטרתן להפיק לקחים ולשפר את פעילות החברה. האגף לביקורת פנים הינו חלק ממרקם כלי הניהול של החברה.
הביקורת הפנימית נועדה לבחון ולהעריך את פעולות החברה במטרה לסייע להנהלת החברה, למועצת המנהלים ולוועדת הביקורת של הדירקטוריון במילוי נאות של תפקידיהם להשגת יעדי החברה, כפי שנקבעו ע"י הגורמים המוסמכים. פעילות הביקורת הפנימית כוללת, בין השאר, בחינה והערכה של הבקרות הפנימיות הקיימות בחברה בנוגע לשמירה על החוק, הניהול התקין, טוהר המידות והיעילות בהשגת היעדים. זאת בנוסף לבחינת קיומם של הוראות ונהלים מתאימים ועדכניים, תהליכים ממוחשבים ואחרים, בהם מובנות בקרות מתאימות, תהליכי פיקוח ועוד.
הביקורת הפנימית בוחנת תהליכים במטרה לזהות ליקויים ולצמצם חשיפות לסיכונים, פעולה שתומכת בתפקוד של מנהלי ועובדי החברה ומסייעת להצלחתם במילוי תפקידיהם ובהשגת יעדי החברה.
סמכויות המבקר הפנימי מפורטות בחוק הביקורת הפנימית, בנוהל הביקורת הפנימית של רשות החברות הממשלתיות ובנוהל הביקורת הפנימית של החברה.