בשנים האחרונות עברה החברה שינויים ארגוניים משמעותיים על מנת להתאימה לאתגרי המחר, חברת נתיבי ישראל הינה חברה מנהלת המורכבת בעיקר ממהנדסים אזרחיים המאפשרים לחברה ליזום, לתכנן ולבצע מיזמים מקטן ועד גדול.
דירקטוריון החברה הוא מי שמגבש את האסטרטגיה, הסטנדרטים והתקינה כגורם מפקח ומבקר על פעילות החברה.
לחברה 5 זרועות ליבה - חטיבות הפיתוח וההנדסה, הרכבתית, PPP, חוזים והתקשרויות וחטיבת האחזקה.
שאר היחידות תומכות את מאמצי הזרועות השונות של החברה.
החברה מחולקת ל 4 אזורים (צפון, מרכז, דרום ויו"ש) גיאוגרפיים אחזקתיים ועל ידי כך נשלטת מצפון ועד דרום המדינה.