תא"ל (במיל') ניסים פרץ, נשוי ואב לארבעה. מנכ"ל חב' נתיבי ישראל מאוקטובר 2015.
בין תפקידיו הרבים בצה"ל שימש ניסים כראש חטיבת הלוגיסטיקה של צה"ל ובתפקידו האחרון שימש כראש מנהלת מעבר צה"ל לנגב.

ניסים רואה בחזונו תפקיד חברתי - כלכלי מהמעלה הראשונה ומוביל את החברה לחדשנות טכנולוגית ומתן שלל פתרונות לבעיות תחבורתיות מורכבות.
חברת נתיבי ישראל בראשותו, היא חברה חדשנית, מתקדמת ומובילה כחברת תשתיות.

דניאל רוד, אל"ם (מיל'), שימש בעברו סגן ראש אגף הבינוי במשרד הביטחון ומפקד מערך הבינוי בצה"ל, שהוביל חלק משמעותי מהקמת עיר הבה"דים. דניאל בעל בתואר ראשון ושני בהנדסה אזרחית מהטכניון.

דניאל הצטרף לחברה בשנת 2017. בשנה הראשונה בחברה ייסד את המנהלת להקמת שדה תעופה בינלאומי משלים לנתב"ג ובתום הליך מכרזי מונה לתפקיד בו מכהן כיום. דניאל רואה בחזונו פיתוח של מערכות תחבורה מורכבות להסעת המונים כאלה שיביאו פתרון לאתגרי המחר בעיקר בעיות הגודש המחייבות שלל פתרונות יצירתיים ומשולבים.

חטיבת התפעול והאחזקה דואגת לתחזק, לטפל ולשמור על תשתית תחבורה איכותית בכל כבישי ישראל.

פעילות החטיבה כוללת סימוני צבע, ריבוד והטלאות בכבישים, הסדרת תעלות ופתרונות ניקוז, שילוט ותמרור, התקנת ואחזקת מעקות בטיחות, גינון, ניקיון כללי, התקנת מערכות תאורה ורמזורים, שילוט אלקטרוני ופינוי מפגעים. אגף בקרת התנועה של החטיבה כולל את "המרכז הלאומי לניהול תנועה", המשמש כמרכז שירות ארצי וכזרוע מקשרת בין כלל הגופים במדינת ישראל המספקים מידע על רשת הכבישים, הרמזורים והעבודות.

צחי גורה, נשוי +3 החל את דרכו בחברה בשנת 2006 ובהמשך הקים את עולם תשתיות הרכבת בחברה, בהמשך אף ניהל את האגף לתשתיות רכבת של החברה ובשנת 2018 מונה לסמנכ"ל החטיבה הרכבתית אותה הקים בשנה זו.

במסגרת תפקדו בחברה ניהל צחי את סלילת המסילות: עכו - כרמיאל, העמק ומסילות השרון. בימים אלה החטיבה עוסקת בהקמת המסילה המזרחית, המסילה ה- 4 באיילון וכן תכנון מסילות הגליל והמסילה לאילת. החטיבה הרכבתית תחת ניהולו של צחי חרטה על דגלה את החזון: "יזום, תכנון והקמת רשת מסילות ברזל כבדות וקלות שתאפשר לרשת המדינה בתחבורה ציבורית להסעת המונים לרווחתם ולאיכות חייהם של תושבי המדינה".

חטיבת הכספים אחראית על ניהול המערך הכספי והתקציבי של החברה, כך שיבטיח את מימוש מטרותיה ויעדיה בהתאם לאסטרטגיה הכללית ולתכנית החומש.

החטיבה עוסקת בהטמעת שיטות מכרז מתקדמות למיקסום יעילות כלכלית וקיצור לוחות זמנים, מובילה יזום, הקמה ותחזוקה של מערכות ניהול אפקטיביות לפרויקטים קטנים וגדולים ומקדמת תהליכי חדשנות עסקית המובילים להגברת התחרותיות וליעילות פיננסית. בנוסף, החטיבה שואפת להשביח את ערכם של נכסי החברה ומקפידה הקפדה יתרה בכל הנוגע לטוהר המידות, יושרה, הגינות ושקיפות בכל פעולותיה באופן גורף.

הלשכה המשפטית של נתיבי ישראל אחראית לספק לחברה את מכלול השירותים המשפטיים הנדרשים לטובת פעילויותיה השונות, הגשמת חזונה ויעדיה.

בכל פרויקט, מיזם, חוזה ופעילות משמעותית שנעשית בחברה, הלשכה המשפטית מעניקה ליווי צמוד ומקצועי. היא מייצרת מעטפת חוקית ומשפטית המאפשרת עבודה חופשית ושמירה על זכויות וחוקים ובנוסף אחראית לייצוג נתיבי ישראל בערכאות המשפטיות השונות. הלשכה מתמחה בנוסף בגישור ופתרון סכסוכים וכן עוסקת במתן חוות דעת משפטיות, השתתפות בוועדות ובפורומים של ההנהלה והדירקטוריון הדורשים ייעוץ משפטי.

הוספת ערך, שיפור פעולות ותהליכים וסיוע בהשגת מטרות ויעדי החברה, תוך הבטחת תהליכי ניהול סיכונים, בקרה, פיקוח וממשל תאגידי.

היעד המרכזי של יחידת המבקר הפנימי הינו גיבוש תכנית עבודה רב שנתית רלוונטית ועמידה בה, תוך הקפדה על מקצועיות, איכות, אפקטיביות ומתן ערך מוסף. כמו כן, פיתוח אישי ומקצועי של צוות המבקר, גיבוש ושיפור שיטות ותהליכי עבודה פנימיים, שימור ידע ומעורבות ושותפות בתהליכים.
עבודת הביקורת הפנימית נערכת בהתאם לכללי האתיקה, התקנים וההנחיות של המקצוע וחוקי מדינת ישראל. פעולת הביקורת הפנימית חלה על כל יחידות החברה

לחטיבת החוזים וההתקשרויות ראייה מערכתית רחבה והיא מתכננת ומתכללת את כלל ההתקשרויות בחברה ברמה השנתית, הנגזרת מתכנית העבודה.

כחברת ניהול, לא מעט מפעילותנו מתקיימת באמצעות מיקור חוץ וקבלת שירותים מספקים חיצוניים. לכן, חטיבת החוזים וההתקשרויות דואגת לתכנון, למימוש ולבקרה של שיתופי הפעולה המקצועיים תוך מחויבות לאמנת השירות, לשקיפות ולאמינות. בחטיבה נכתבים ונערכים המסמכים השונים הקשורים להליכי ההתקשרות, מרוכזת עבודת וועדות מכרזים והתקשרויות ומתבצע ניהול של החוזים עם הספקים הקיימים.

חטיבת משאבים ומנהל דואגת לטפח ולפתח את ההון האנושי בנתיבי ישראל, מתוך תפיסה כי אנשים הם המשאב החשוב ביותר הקיים בחברה.

החטיבה מקדמת תהליכי עבודה אפקטיביים ומנהלת את עובדי החברה באופן מושכל, העונה על צרכי העובדים ועל צרכי החברה. בנוסף החטיבה מעודדת ומפתחת מצוינות ארגונית ואישית, מדריכה ומטמיעה מתודולוגיות וכלים ארגוניים מתקדמים ומלווה תהליכי שינוי וצמיחה למען שיפור החברה. בנוסף, החטיבה עוסקת ברכש ולוגיסטיקה, ניהול ידע וקשרי חוץ, ניהול תחום הביטחון, הבטיחות המפעלית ואבטחת המידע.

מטה מנכ"ל חברת נתיבי ישראל אחראי לתכלול וניהול עשייה החוצה את כלל חטיבות החברה, ולוודא שהן פועלות בצורה מקצועית, שירותית, אמינה ונגישה.

מטה המנכ"ל הוא הזרוע הביצועית של מנכ"ל החברה ובו מרוכזים, מנוהלים, מבוצעים ומפוקחים הפרויקטים הרוחביים של החברה.
המטה עוסק בין השאר בשינוי ועדכון תהליכי עומק, ניהול סיכונים תאגידי, אחריות תאגידית ופיתוח בר-קיימא, הבטחת איכות, בטיחות בעבודה בתנועה ועבודה שוטפת מול הרשויות המקומיות.

מנהלת הקמת שדה התעופה אחראית על תכנון וניהול פרויקט הקמת שדה תעופה משלים לנתב"ג, המכיל ומשלב פעילות תעופה אזרחית וצבאית כאחת.

בשנים הקרובות יוקם בישראל שדה תעופה משלים לנתב"ג, שייספק שירותי תעופה המותאמים לגידול המתמשך בתנועת הנוסעים. שדה התעופה יהיה אזרחי וצבאי כאחת, וחברת נתיבי ישראל מונתה להוביל את הקמתו. לצורך כך הקמנו מנהלת ייעודית אשר דואגת להבטיח פעילות קרקעית ואווירית עניפה, ופעילותה כוללת בין השאר עיסוק בהיבטי רגולציה תעופתית, מימון, מוסדות תכנון, סביבה, חוזים, היבטים הנדסיים מגוונים ושיתוף הציבור.